A második világháború során aláaknázták a hidat. A robbanótöltetek váratlanul felrobbantak a pesti mederágnak a parthoz csatlakozó nyílásában, az ívtartót középen kettétörve. A robbanás 1944. november 4-én déli 12 órakor következett be, a legnagyobb forgalom idején. A robbanás ereje és a vízbe zuhanó hídszerkezet olyan hatalmas erőt adott át a mederpillérre, hogy az elmozdult és mozgása a mederhíd következő ívére, valamint a másik mederpillérre és a középső pillérhez csatlakozó ívre is átadódott. Ezek az ívek is eltörtek és a vízbe estek. Csupán a középpillér nagyobb tömege akadályozta meg azt, hogy az erőhatás tovaterjedjen és a híd mindegyik nyílása a vízbe zuhanjon. A szerencsétlenségben járművek zuhantak a Dunába, többen életüket vesztették, köztük Kabos Endre kardvívó olimpiai bajnok.

A Pesti Hírlap 1944. november 6-ai száma a következőket írta a tragédiáról: "A Margit-hidon munkálatok közben úgy látszik a gázvezeték hibája folytán szombaton robbanási szerencsétlenség történt, amelynek a folytán a forgalom a hídon megszakadt. Sajnálatosképpen a szerencsétlenségnek emberélet is esett áldozatul. A hivatalos vizsgálat folyamatban van."

A váratlan hídrobbantás utáni vizsgálat során kiderült, hogy a robbantást előkészítő 6. sz. német hadsereg utászai az ívek záradékaiban már korábban elhelyezett robbantótöltetekbe a robbanófejek beszerelésén dolgoztak. A balesetnek negyven utász esett áldozatául, közel száz magyar állampolgár vízbefulladt. A baleset közvetlen okául a hídon átmenő hibás gázvezetékből kiáramló gáz lángralobbanását jelölték meg, ami feltételezhetően egy égő cigaretta miatt gyulladhatott meg és robbantotta fel a gyújtófejet. A vizsgálat eredményétől függetlenül a balesetért a német hadsereg volt a felelős.

A Margit híd épségben maradt részeit, a szárnyhidat kivéve - melyet nem sikerült felrobbantani - 1945. január 18-án pusztították el visszavonuló német csapatok. Csupán a híd pillérjei maradtak meg.

A hadi események után fajármokra szerelt kábelhíd épült a Margit híd pillérein, mely gázvezetéket és más közművezetékeket is hordozott. A kábelhidat Palotás László tervezte, ő irányította a munkálatokat is. Amikor megszületett a döntés a Margit híd újjáépítésére és a munka is kezdetét vehette, elbontották a kábelhidat, a gázcsöveket pedig az Újpesti vasúti híd épen maradt pilléreire épült fajármos kábelhídra helyezték át.

1945-ben a szovjet hadsereg cölöpös fahíddal oldotta meg a Margitszigettel való kapcsolatot a Sziget utca és a Lukács fürdő között. 1946-ban jégzajlás következtében ez cölöphíd megsemmisült. Helyére ideiglenes pontonhidat építettek, melyet 1946. május 12-én fejeztek be és a „Manci" nevet kapta. A négy méter széles híd főként gyalogosok részére épült. Egészen a Margit híd újjáépüléséig, 1948 nyaráig hordozta a forgalmat.

Tervezője Fazakas György, a kivitelezők Nagy István és Malomsoky József vállalkozók voltak.

A második világháborút követően alapos vizsgálat és megfontolás előzte meg a Margit híd újjáépítését. Mérlegelni kellett a lehető leggyorsabb felépítés, a rendelkezésre álló építési anyagok minőségének, mennyiségének illetve az építendő híd tartósságának szempontjait. Minden anyag rendelkezésere állt egy betonboltozatú híd építéséhez, így merevbetétes vasbetonhíd építését irányozták elő, s arra is tekintettel voltak, hogy Menyhárd István tervével tetemes mennyiségű vasanyagot takarítottak volna meg. El is kezdték gyártani a csőelemes vasvázat. Az előkészületek és a pillérek vizsgálatai ezalatt folyamatosan zajlottak, eredményképpen kiderült, hogy elsősorban a pesti Duna-ág mederpilléreinek sérüléseit a híd roncsainak kiemelését követően lehet csak kijavítani. Emiatt a munkálatok késtek, viszont az anyagbeszerzés lehetőségei jelentősen javultak, így a betonhíd építésének gondolatát el lehetett vetni.