A Soroksári Duna-ágat a 1870-es években a folyamszabályozáskor, árvízvédelmi célból, töltéssel zárták el. A töltés a főváros jelenlegi XX. és XXL kerületei, Pesterzsébet és Csepel között, kb. a jelenlegi híd helyén létesült és azon át bonyolódott az akkor még gyér forgalom. Ez volt az ún. Gubacsi gát, amely nevét Erzsébetfalva (később Pesterzsébet) község dűlőjétől vette, ahol a gát feküdt. és az 1912-ben megépült Ráckevei HÉV csepeli szárnyvonala, ami a Pesterzsébet felső HÉV állomás után ágazott ki a fővonalból. Amikor a Soroksári Duna-ágat az 1920-as évek folyamán hajózhatóvá tették, a Duna-ág felső és alsó torkolatánál hajózsilipek (Kvassay-Tassi) épültek és a Gubacsi gátat elbontották. A Gubacsi híd abból a célból létesült, hogy áthaladjon a forgalom, amely annak előtte a gáton zajlott.
A pillérek alapozását 1919-1922 között Zsigmondy Béla, a vasszerkezetet 1923-24-ben a Magyar kir. Állami Vasgyárak építette meg a HÉV vonal, az akkoriban épült Szabadkikötőbe vezető iparvágány és a közúti forgalom számára. Két darab hatnyílású rácsos acélhidat építettek. Az északin a kikötői vasút és a HÉV osztozott, míg a délin a közúti forgalom kapott helyett irányonként egy sávval.

A II. világháborúban Budapest ostroma idején a német alakulatok felrobbantották. 1947-ben építették újjá.

A két híd között egy befüggesztett részen még egy vágány alakítottak ki a HÉV számára, hogy irányként külön vágányon haladhassanak a szerelvények. Az sziget csúcsán 1927-ben megépült Kvassay híd nyugati oldalán 1951-ben átadott gyorsvasút, a mai Csepeli HÉV megépülte után a szárnyvonal meglepően keveset veszített jelentőségéből. Mivel rajta keresztül a belvárosból Csepelre ugyan hosszabb volt a menetidő, továbbra sem csak Pesterzsébetig utaztak rajta. 1959-ben hurokvégállomást létesítettek a Határ út és Gubacsi út sarkán. Ettől kezdve innen indultak az eredeti vonalon a "H" jelzésű vonatok Csepelre.
Egy elhibázott döntés következtében a Gubacsi híd felújításakor, 1978-ban a HÉV járatot megszüntették. Forgalmát több autóbusz vette át. A HÉV vágányok helyén 1984-ben közúti sávokat alakítottak ki. A híd nem sokáig bírta el a kétszer két sáv közúti és az egy vágány iparvasúti forgalmat. A legutóbbi, 1997-es felújításkor újra a déli oldalra került az irányonként egy sávra szűkült erős közúti forgalom. A középre befüggesztett pályát elbontották. Azóta az északi oldalon a kikötői vágány és egy kerékpárút halad. Utóbbi helyett inkább a déli oldalán lévő szűk járdát használják a biciklisták.