A margitszigeti premontrei konvent a 13. században alapított kolostor. A pontos építési ideje nem ismert, az 1235-ös premontrei rendi listán még nem szerepelt, a század végén már mint a váradhegyfoki kolostor filiáját említik. Az épület a korábban ott állt Szent Mihály templom helyén épült fel, ami a sziget legkorábbi egyházi épülete volt, 1225-ben említette először oklevél ezt a kis falusi templomot. A konvent a Mihály arkangyal nevet viselte. Kezdetben jó anyagi helyzetű kolostor volt, mert nagy királyi adomnányok gazdagították, és Párdi és Pazándok falvaknál malmokat is szereztek.

A margitszigeti apácakolostor létrejötte és terjeszkedése miatt csökkent a jelentősége, és gyakran pereskedtek is egymással. A legnagyobb veszteségük az volt, amikor a zárda a sziget egész területét megkapta a konvent területének kivételével. A premontreiek azon gazdasági épületei és begina háza, amik a konventen kívül álltak, viták és a kolostori szolgálónépek közti összetűzések forrásává váltak.

A konvent hanyatlása a török korban következett be, amikor 1526-ban a szerzetesek elmenekültek. A hajdani konvent falai nagyrészt a eltűntek a föld színéről, kivéve a templom délkeleti falait. A kolostor maradványait Lux Kálmán tárta fel, és a romjainak felhasználásával építette meg a premontrei kápolnát. Az ásatásokhoz a kezdőlökést egy 1914. évi szélvihar adta meg, amikor egy vén diófát csavart ki a földből, gyökerei között egy haranggal. 1923-ban rendelte el a Fővárosi Közmunkák Tanácsa a terület feltárását.

Az ásatások során feltárt templom eredetileg egy 8 méter széles és 12 méter hosszú hajóval épült, végében félkörös záródású, keletelt szentéllyel. A templom mellett 15. századi kápolna állt, ami a mai templom sekrestyéjét alkotja. Az ásatások a templomon belül egy korábbi periódust is feltártak, és a konvent épületének egy részét is a felszínre hozták. Az épület körül több, iszapba süllyedt csontvázra - talán a tatárjárás idején elesett vitézek holtteste - leltek, a belső térben pedig egy nagyobb sírkőlap került elő, melyen „Hic iacet Valentinus” - itt nyugszik Bálint felirat olvasható.