1861-ben nyílt meg a Déli Vasút tulajdonában lévő Buda állomás (a Déli pályaudvar elődje), a Buda–Kanizsa vonal végállomásaként. Az épület a vasúttársaság más forgalmas pályaudvaraihoz hasonlóan komolyan felszereltnek számított, és egy facsarnokkal bírt a vasúti sínek felett. A Déli pályaudvar nevet 1873-ban kapta az állomás, nem a földrajzi fekvéséről, hanem a vasúttársaságról.[1] 1901-ben a növekvő forgalom következtében a Vérmező felől új jegyváltó-előcsarnok épült.

A létesítményt a II. világháború során teljesen lebombázták, a befutó vasútvonalak is tönkrementek. Az 1940-es évek végének vasúti helyreállítási munkálatai a pályaudvar épületére nem terjedtek ki. Egészen az 1960-as évekig ideiglenes létesítmények szolgálták az utasokat, szóba került az állomás Kelenföldi pályaudvarra történő kitelepítése is. 1962-ben új üveg csarnokot emeltek a vágányok végén, ideiglenes perontetővel. Végül Kővári György építész 1968-1974 között készült tervei alapján 1970-ben megindult a pályaudvar rekonstrukciója. 1974-ben a régi épületek bontási munkálatainak során előkerült az egykori indóház alapkőletételénél használt ónhenger, melyet azóta a Közlekedési Múzeum őriz. A jelenlegi pénztár- és a várócsarnok nyugati fele néhány lépcsővel 1973-ban a 2-es metró átadásával egy időben nyílt meg. A teljes épületkomplexum azonban csak 1975-re készült el. 1983-ban került felsővezeték a vágányok fölé. 2001-ben perontetőt emeltek a 4. és az 5. vágány közé, a közvetlenül Zalaegerszegen át Szlovéniaba tartó InterCity járat beindítása előtt. A tető felhúzásának áldozatul estek a pályaudvar terebélyes lombú fái.

Mára az épületek állapota erősen leromlott, emiatt egy időben újra napirendre került a pályaudvar megszüntetése és az általa ellátott feladatok Kelenföldre történő kitelepítése. Ettől a tervtől időközben elálltak. Jelenleg – magántőke bevonásával – a pályaudvar teljes átépítését tervezik, amelynek költségeit a vágányok lefedésével és a személyszállításhoz nem közvetlenül kapcsolódó funkciók áttelepítésével nyert területek kereskedelmi célú hasznosításából fedeznék. Addig is a közelmúltban pótolták a álmennyezetek leszakadt hézagait, a pénztárcsarnok főhomlokzatán a hiányzó fehér sávok burkolatait és a kitört üvegeket. A Koronaőr utca felőli szárny vasbeton korlátjait is beburkolták.

A pénztárcsarnok egykori étterme nemrég újra üzemel. A Kálvin tér metróépítés miatt félig lebontott aluljárójának egyik megszűnt kávézója költözött be és újította fel. 1975-ös korabeli állapotának megfelelően fogadja vendégeit.