A Margit-szigeten volt a Domonkos-rendi apácák kolostora, Északi végén az esztergomi érsek vára, középen a premontreiek és a ferences rendi minoriták temploma és kolostora, déli végén pedig a Szent János-lovagrend vára és ispotálya állt. 1790-ben a bécsi udvar a főherceg kezdeményezésére, birtokcsere révén Sándor Lipót főhercegnek, Magyarország nádorának adta a szigetet, aki a schönbrunni park mintájára kertészeti rendezését szorgalmazta.

A Magyar Hirmondó-ban 1792 őszén ez a kis hír látott napvilágot:

    „Nádor-Ispány ő Fő Hertzegsége rajta van tellyes igyekezettel, hogy az ugy nevezett Sz. Margit vagy más névvel Nyul-Szigetéből eggy kies mulató helyet formálhasson. Derekassan készülnek ugyanis benne az ő Fő Hertzegsége költségén a szép épületek és kertek; mellyek által visszanyeri ezen hely néminemüképpen előbbeni fényességét.”

Sándor Lipót halála (1795) után öccse, József nádor Tost Károly királyi főkertésszel folytatta a munkát. József nádor, felesége, Alexandra Pavlovna nagyhercegnő számára a szigeten rendezett be nyaralót. 1814-ben a Napóleon császár elleni szövetség vezetői, I. Sándor cár (a nádor sógora), III. Frigyes Vilmos porosz király és I. Ferenc osztrák császár és magyar király itt találkoztak.

Az 1838-as jeges árvíz szintje mintegy 2,5 méterrel ellepte a szigetet a fiatal és középkorú telepítésekben rendkívül nagy károkat okozott, ennek látványos bizonyítéka egy ma is élő narancseperfa, ami fiatalon megdőlt és úgy fejlődött idős fává. Széchenyi kezdeményezésére evezős és úszóversenyeket rendeznek a sziget mellett az 1840-es években.

1866 végén Zsigmondy Vilmos bányamérnök, a hazai artézi vizek és gyógyforrások kiváló kutatója a nyugati partnál artézi kút fúrásába kezdett. 1867 májusában csaknem 1200 méter mélységből 43 fokos gyógyvíz tört fel. Erre a kútra alapozva született meg a hely fürdőszigetté fejlesztésének terve. József főherceg Ybl Miklóssal az egész szigetre kiterjedő tervet készíttetett, melyből 1873-ra elkészült a gyógyfürdő, két vendéglő, több villa, a Kisszálló, a gépház és a neoreneszánsz Nagyszálló. Ekkor alakították ki mesterségesen elhelyezett sziklák segítségével a vízesést is. Egyesíttette a három különálló szigetet, a Festő-, a Fürdő-, valamint a Nyulak szigetét, hogy európai hírű fürdőhelyet alakítson ki. Az árvizek rendszeresen elöntötték a területet. 1876-ban például a Vasárnapi Újság így írt: „A szép szigeten alig van itt-ott egy kis pázsit, fehér homok borítja a talajt, néhol két lábnyi magasságban. (…) Hanem az iszap eltávolítása nagy dolgot ad. Nem is hordják el, hanem a fáktól tisztes helyeket fölszántják, hogy a homok alá kerüljön s a termőföld felszinre jusson, aztán fűmaggal vetik be. Ahol mélyebb a homok, hogysem eke bejárná, ott árkot ásnak, s a kiemelt föld helyébe a homokot teszik.”[3] A további árvízi pusztításokat elhárítandó a sziget eredetileg 102,5 méteres tengerszint feletti magasságát feltöltéssel 104,85 méterre emelték.

A sziget 1900-ig csak csónakkal volt megközelíthető, ekkor épült meg a Margit hídnak a szigetre vezető szárnyhídja. A sziget második híd-kapcsolata 1950-ben, az Árpád híd megépülésével jött létre.

A Margitsziget az 1908. évi XLVIII. törvénycikk szerint a Közmunkatanács kezelésében lévő fővárosi pénzalap tulajdonába került, kivéve a sziget közepén fekvő mintegy 13 hektárt, amely országos növénykert létesítésére kincstári tulajdonba került. A törvény egyúttal örök időkre közkertté nyilvánította a szigetet.

1919-ig a Margit-szigetre csak belépődíj megfizetése mellett lehetett bemenni.

Arany János 1877-82 között minden nyarát a Margit-szigeten töltötte, egész életpályáját tekinti át, az ide kötődő, a Tölgyek alatt című versében. Kortársai, akik szintén a sziget szerelmesei: Jókai Mór, Prielle Kornélia, Lotz Károly, Kamermayer Károly, Korányi Sándor, Szarvas Gábor, Jászai Mari, Wekerle Sándor, akiket követ egy későbbi nemzedék:Bródy Sándor, Molnár Ferenc, Szép Ernő, Nagy Lajos, Krúdy Gyula és Szerb Antal, aki Budapesti útikalauz marslakók számára című művében így írt a szigetről, bevezetve Arany Jánosról írandó szakaszát: „Margitsziget. A keskeny parkban, hol jobbra is, balra is láthatja felcsillanni olykor a Dunát, a mulandóság folyamát, a szinte már túlságosan szép virágágyak között, az alsó és a felső vendéglők között, itt szoktunk gyermekek lenni és itt szoktunk megöregedni. Itt öregedett meg a pestiek legnagyobb költője, Arany János is.”